この春からミレニア学園に入学する主人公——移勇飛(ひいらぎゆうひ)。

家庭の事情から、ひとり暮らしをしたいと考えていたところ、運良くも好条件の物件を見つけ、勇飛は早速そのアパートに入居を決める。 だが、隣に建つ教会に足を踏み入れたときから、勇飛の運命は一変してしまう。

一そこには、少女が倒れていた。

ヒカリと名乗るその少女は記憶があやふやで、はっきりと覚えているのは人助けという目的だけ。 アパートの管理人であるノアの勧めもあり、勇飛は行くあてのない彼女と同居生活をはじめることになるのだった。

共に通うこととなったミレニア学園で、部活を立ち上げようというヒカリ。 勇飛は活動を通してヒカリの記憶が戻るかもしれない、と手助けを申し出る。 勇飛とヒカリがはじめることとなった新しい部活———大空部。

それは、部室を懺悔室とし、訪れた生徒の問題や悩みを解決することを目的としている。 部活動を通して様々な問題解決に奔走する事になる勇飛とヒカリ。 果たしてこの先、どのような事件が二人を待っているのだろうか・・・・・・?