篝火（かがりび）と不知火（しらぬい）は、人知れず日本を守る政府の秘密機関に所属する忍者（くのいち）である。 今夜も、特命を受けて、薬品会社へ違法に侵入した外国のスパイを追いかけていた。 悪あがきをする敵スパイも、得意の乳忍法『巨乳真剣白刃取り』で撃退する。

逃げ切れないと知ったスパイは自爆するが、2人は略奪したアタッシュケースを奪い返すことに成功した。 そこへ遅れて登場してきたのは、エージェントである天頼南美（てんらい・なみ）であった。

南美は同じエージェントとは言え、管轄部署が違い、お互いをライバル視していた。 2人は不本意ながらも、命令通りアタッシュケースを南美に手渡し、その場を立ち去った。

翌朝2人は、眠い目をこすりながら、机の前に座っていた。 忍者とは言え、姿を隠すため、普段はOLとして働いていた。 そこへ2人の上司が見覚えのあるアタッシュケースを持って現れる。 彼女はエージェントの南美であった。彼女も姿を隠すため、政府の用意したこの会社で働いていた。

南美は、アタッシュケースの中にあったものを返せと、2人に詰め寄る。 どうやら、篝火たちがその中のものを隠していると、南美は思いこんでいるらしい。

もっとも、2人には全く身に憶えがない。 しかも、南美本人も、奪われた中身が何かは知らされていないようだった.

終業時間後、篝火と不知火を残し、誰もいなくなった会社のブラインドがおり、壁からスクリーンが降りてくる。 2人のボスからの定時連絡であった。新たな任務を命じられるも、いつも損な役回りに不満一杯の2人。 しかし、有給休暇をちらつかされ、2人とも途端にやる気を出した。

彼女たちは優秀で任務に忠実なのだが、いつもやりすぎてしまい、その後始末で大変になるコトが多い。 そのため、有給などは長い間認められていなかった。

この暴力団とつながりのある、組織の秘密を調べるために内偵調査を開始する。 今度こそと、頑張ってはみたものの、勢い余って事務所ごと崩壊させてしまう。 壊れた事務所の前で、途方に暮れる2人。これでは有給どころではない。

そこで2人は、その組織から連絡がくるまで、変わりに暴力団を運営することにした。 ただでさえ任務が忙しく、睡眠不足が続く毎日だというのに、暴力団運営と言う2足の わらじを履いて、死にそうになる2人。

ようやく目的の組織と接触できたのは良いが、2人を上回るアマゾン忍者が現れ、 組織を裏切った兄弟子まで登場し、事件は思いもよらない方向へ流れていく……